ICROFS udfører opgaverne på basis af økologiens filosofi og de etablerede økologiske principper.

Centret er etableret af Miljø og fødevareministeriet for at varetage en række opgaver:

• Tilvejebringe forskningsresultater, der kan bidrage til fremme af økologiske landbrugs- og fødevaresystemer.
• Koordinere, administrere og gennemføre strategisk og brugerorienteret forskning af høj kvalitet indenfor økologiske landbrugs- og fødevaresystemer med fokus på både nationalt og internationalt niveau.
• Bidrage til udvikling af økologiske landbrugs- og fødevaresystemer med det formål, at forbedre mulighederne for konvertering fra konventionel til økologisk produktion og bidrage til generel fremme af bæredygtige landbrugs- og fødevaresystemer.
• Bidrage til udvikling og udbredelse af økologiske landbrugs- og fødevaresystemer som middel til at opnå vigtige mål for samfundet i forhold til miljø, klima, natur, dyrevelfærd og egnsudvikling.